25. ergosterol biosynthesis

Similarity values obtained by G-SESAME

  ERG1 ERG10 ERG11 ERG12 ERG13 ERG2 ERG20 ERG24 ERG25 ERG26 ERG27 ERG3 ERG4 ERG5 ERG6 ERG7 ERG8 ERG9 HMG1 HMG2 IDI1 MVD1
ERG1   0.131 0.494 0.174 0.193 0.193 0.220 0.291 0.494 0.291 0.291 0.337 0.291 0.325 0.154 0.193 0.174 0.171 0.291 0.291 0.193 0.193
ERG10     0.119 0.199 0.329 0.128 0.248 0.128 0.119 0.128 0.128 0.155 0.128 0.245 0.168 0.128 0.199 0.183 0.128 0.128 0.128 0.128
ERG11       0.167 0.183 0.183 0.205 0.311 0.769 0.311 0.311 0.365 0.311 0.321 0.146 0.183 0.167 0.160 0.311 0.311 0.183 0.183
ERG12         0.305 0.180 0.340 0.180 0.167 0.180 0.180 0.211 0.180 0.314 0.243 0.180 0.599 0.266 0.180 0.180 0.180 0.180
ERG13           0.199 0.378 0.199 0.183 0.199 0.199 0.235 0.199 0.355 0.266 0.199 0.305 0.294 0.199 0.199 0.199 0.199
ERG2             0.223 0.199 0.183 0.199 0.199 0.235 0.199 0.355 0.157 0.338 0.180 0.173 0.199 0.199 0.728 0.199
ERG20               0.223 0.205 0.223 0.223 0.261 0.223 0.389 0.299 0.223 0.340 0.598 0.223 0.223 0.223 0.223
ERG24                 0.311 0.338 0.338 0.602 0.728 0.355 0.157 0.199 0.180 0.173 0.338 0.338 0.199 0.199
ERG25                   0.311 0.311 0.365 0.311 0.321 0.146 0.183 0.167 0.160 0.311 0.311 0.183 0.183
ERG26                     0.728 0.398 0.338 0.355 0.157 0.199 0.180 0.173 0.728 0.728 0.199 0.199
ERG27                       0.398 0.338 0.355 0.157 0.199 0.180 0.173 0.728 0.728 0.199 0.199
ERG3                         0.602 0.407 0.186 0.235 0.211 0.206 0.398 0.398 0.235 0.235
ERG4                           0.355 0.157 0.199 0.180 0.173 0.338 0.338 0.199 0.199
ERG5                             0.282 0.355 0.314 0.317 0.355 0.355 0.355 0.355
ERG6                               0.157 0.243 0.229 0.157 0.157 0.157 0.157
ERG7                                 0.180 0.173 0.199 0.199 0.338 0.199
ERG8                                   0.266 0.180 0.180 0.180 0.180
ERG9                                     0.173 0.173 0.173 0.173
HMG1                                       1 0.199 0.199
HMG2                                         0.199 0.199
IDI1                                           0.199
MVD1                                            

Clustering results obtained by G-SESAME:

Threshold Initial 1.000 0.760 0.720 0.600 0.590 0.490 0.400 0.390 0.380 0.370 0.360 0.350 0.340 0.320 0.290
Clustering
Result
ERG4

ERG24

ERG3

ERG5

HMG2

HMG1

ERG27

ERG26

ERG9

ERG20

ERG13

ERG25

ERG11

ERG1

IDI1

ERG2

MVD1

ERG7

ERG8

ERG12

ERG10

ERG6

ERG4

ERG24

ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1

ERG27

ERG26

ERG9

ERG20

ERG13

ERG25

ERG11

ERG1

IDI1

ERG2

MVD1

ERG7

ERG8

ERG12

ERG10

ERG6

ERG4

ERG24

ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1

ERG27

ERG26

ERG9

ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11

ERG1

IDI1

ERG2

MVD1

ERG7

ERG8

ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24

ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9

ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11

ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8

ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9

ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11

ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8

ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9
 ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11

ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3

ERG5

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9
 ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9
 ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

ERG9
 ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20

ERG13

ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13

ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13
 ERG25
 ERG11
 ERG1

IDI1
 ERG2

MVD1

ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13
 ERG25
 ERG11
 ERG1
 IDI1
 ERG2
 MVD1
 ERG7

ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13
 ERG25
 ERG11
 ERG1
 IDI1
 ERG2
 MVD1
 ERG7
 ERG8
 ERG12

ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13
 ERG25
 ERG11
 ERG1
 IDI1
 ERG2
 MVD1
 ERG7
 ERG8
 ERG12
 ERG10

ERG6

ERG4
 ERG24
 ERG3
 ERG5
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 ERG9
 ERG20
 ERG13
 ERG25
 ERG11
 ERG1
 IDI1
 ERG2
 MVD1
 ERG7
 ERG8
 ERG12
 ERG10
 ERG6

Similarity values obtained by Resnik's method

  ERG1 ERG10 ERG11 ERG12 ERG13 ERG2 ERG20 ERG24 ERG25 ERG26 ERG27 ERG3 ERG4 ERG5 ERG6 ERG7 ERG8 ERG9 HMG1 HMG2 IDI1 MVD1
ERG1   0.187 2.108 0.187 0.187 0.187 0.211 0.919 2.108 0.919 0.919 0.919 0.919 0.187 0.187 0.187 0.187 0.187 0.919 0.919 0.187 0.187
ERG10     0.281 1.378 2.530 0.281 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG11       0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 5.923 1.378 1.378 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281
ERG12         1.378 0.281 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281 3.143 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG13           0.281 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG2             0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 6.235 0.281
ERG20               0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281 1.378 4.507 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG24                 1.378 1.378 1.378 3.163 5.904 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281
ERG25                   1.378 1.378 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281
ERG26                     4.923 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 4.923 4.923 0.281 0.281
ERG27                       1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 4.923 4.923 0.281 0.281
ERG3                         3.163 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281
ERG4                           0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 1.378 0.281 0.281
ERG5                             0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG6                               0.281 1.378 1.378 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG7                                 0.281 0.281 0.281 0.281 1.378 0.281
ERG8                                   1.378 0.281 0.281 0.281 0.281
ERG9                                     0.281 0.281 0.281 0.281
HMG1                                       5.080 0.281 0.281
HMG2                                         0.281 0.281
IDI1                                           0.281
MVD1                                            

Clustering results obtained by Resnik's method:

Threshold Initial 6.235 5.835 5.035 4.835 4.435 3.135 2.435 2.035 1.335 0.235
Clustering
Result
ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9

ERG20

ERG6

ERG25

ERG11

ERG1

ERG4

ERG24

ERG3

HMG2

HMG1

ERG27

ERG26

IDI1

ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9

ERG20

ERG6

ERG25

ERG11

ERG1

ERG4

ERG24

ERG3

HMG2

HMG1

ERG27

ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9

ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24

ERG3

HMG2

HMG1

ERG27

ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9

ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24

ERG3

HMG2
 HMG1

ERG27

ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9

ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24

ERG3

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8

ERG12

ERG9
 ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24

ERG3

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13

ERG10

ERG8
 ERG12

ERG9
 ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24
 ERG3

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13
 ERG10

ERG8
 ERG12

ERG9
 ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11

ERG1

ERG4
 ERG24
 ERG3

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13
 ERG10

ERG8
 ERG12

ERG9
 ERG20

ERG6

ERG25
 ERG11
 ERG1

ERG4
 ERG24
 ERG3

HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2

ERG7

MVD1

ERG5

ERG13
 ERG10
 ERG8
 ERG12
 ERG9
 ERG20
 ERG6

ERG25
 ERG11
 ERG1
 ERG4
 ERG24
 ERG3
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26

IDI1
 ERG2
 ERG7

MVD1

ERG5

ERG13
 ERG10
 ERG8
 ERG12
 ERG9
 ERG20
 ERG6
 ERG25
 ERG11
 ERG1
 ERG4
 ERG24
 ERG3
 HMG2
 HMG1
 ERG27
 ERG26
 IDI1
 ERG2
 ERG7
 MVD1
 ERG5

 

Analysis:

In the SGD database, genes HMG1 and HMG2 are annotated by the same molecular function term GO:0004420: hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity. IDI1 and ERG2 are annotated by two different molecular function terms, GO:0004452: isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity and GO:0000247: C-8 sterol isomerase activity.

Therefore, HMG1 and HMG2 have an identical molecular function. IDI1 and ERG2 have different molecular functions according to the annotation information. However, based on Resnik's method, the similarity between IDI1 and ERG2 is greater than the similarity between HMG1 and HMG2, inconsistent with the gene annotation information. On the other hand, the results obtained by G-SESAME are consistent with the human perception.

Conclusion:

G-SESAME is better.